1、 加0.25~1g土壤样品到一个2ml bead solution tubes中。（要一次提取更大量土样，可选择UltraClean Mega Soil kit。关于加样量，可参考下文疑难点。）
这一步发生了什么：土样或粪便样品加入到Bead Tube 中。这是裂解细胞的首要步骤。Bead Solution是一个缓冲液，可分散开土样，并初步溶解腐植酸。
2、 轻轻涡旋混匀
这一步发生了什么：混匀样品与Bead Solution。
3、 检查S1。若出现沉淀，60℃水浴至全溶解。
这一步发生了什么：S1溶液含有SDS，温度过低时会产生沉淀。60℃孵育可重溶SDS，并可趁热使用】
4、 加入60μl S1，上下颠倒数次混匀
这一步发生了什么：S1容易含有SDS，作为去垢剂可破坏细胞膜结构。
5、 加入200μl IRS 溶液。（仅当最终DNA需要跑PCR是才需要添加，否则省略）
这一步发生了什么：IRT是专门设计用于去除腐植酸和其它PCR抑制因子的专利溶液。若最终DNA是用于PCR扩增，此步不能省略。腐植酸呈棕色。富含有机质的土壤通常含有大量腐植酸。
6、 把bead solution tubes安放到涡旋仪适配器中（货号13000-V1或13000-V1-24），或使用胶带固定在涡旋仪橡胶平板上。最大转速(3200rpm，若涡旋仪达不到此速度，可适当延长5~10min)涡旋振荡10min。（若使用24头涡旋仪一次处理多于12个样品，请把涡旋时间延长5-10min。）
这一步发生了什么：把Tube管牢靠地固定在涡旋仪上，对样品之间的一致性和DNA得率至关重要。只有胶带固定，容易在振荡过程中松开，影响研磨效果。我们已经设计出了专门用在涡旋仪上的适配器，可以紧紧卡住Tube管。
这步主要是引入机械作用力。在机械和化学试剂共同作用下裂解细胞。研磨珠不规则锋利外形与微生物细胞相互碰撞，破开细胞。
7、 室温10000g离心30s
这一步发生了什么：沉淀物含有细胞碎片、土壤、研磨珠以及腐植酸等。DNA在上清液中。
8、 转移上清到一个2ml 干净收集管中（视不同土壤类型，一般0.2g土样可获得400~450μl上清液，并可能混入少量土壤）
【注意：以加入0.25g土样计算，大约可获得400-450μl上清液，上清液中可能仍然带有部分土质。上清量因土壤类型不同可能有差异。
9、 加入250μl S2溶液，涡旋混合5s。4℃孵育5min。
这一步发生了什么：S2含有蛋白沉淀溶液。蛋白杂质会影响DNA纯度，并抑制下游DNA实验。
10 室温10000g离心1min
11 避开沉淀小球，转移450μl上清到一个干净的2ml收集管中
这一步发生了什么：沉淀物含有细胞碎片、土壤、研磨珠以及腐植酸等。为了更高的DNA得率和纯度，尽量避免吸到沉淀物
12 使用前摇匀S3溶液，加入900μl S3溶液到上清中，涡旋5s混匀
【注意：此时溶液可能很满，小心拿放。S3溶液为DNA绑定盐溶液。在高盐环境下，DNA会吸附绑定在硅胶薄膜上。】
13 加载700μl上清到一个Spin Filter中，10000g离心1min
14 弃去滤液，继续加载剩下的上清，10000g离心1min。注意，每个样品一共需要加载两次。
【注意：每次提取大概一共需要加载三次。DNA选择性地地府在硅胶薄膜上。其它成分则通过薄膜。】
15 加入300μl S4溶液，10000g离心30s
这一步发生了什么：S4是以酒精为主的洗液，可清除可能残留在薄膜上的高盐、腐植酸等其它杂质。注意：腐植酸较高的情况下你可以重复冲洗一遍。试剂盒配备的S4溶液有10%冗余。你还可以单独订购S4（货号：12800-100-4）。
16 弃去滤液
这一步发生了什么：滤液中只含有酒精洗液等废液。
17 室温10000g再次离心1min
这一步发生了什么：此步用于去除残留的S4溶液（含酒精）（也可吹干）。酒精成分去除不干净会影响电泳凝胶加样等下游实验，必须完全去除干净。
18 小心把spin filter转移到一个干净的2ml收集管中，避免S4溶液污染
这一步发生了什么：注意不要沾到任何S4溶液。
19 加入50μl S5到白色滤膜中央，
这一步发生了什么：S5（无菌洗脱缓冲液）要加入到薄膜中间，并保证整个薄膜能充分润湿。
20 10000g离心30s
这一步发生了什么：DNA随着洗脱液一起离心下来。DNA只在高盐环境下才吸附在硅胶滤膜上。S5溶液是pH8.0 10mM Tris缓冲液，不含盐。
21 弃去spin filter。此时收集管中的DNA可直接用于下游实验
建议DNA冷冻保存（-20℃~-80℃）。S5溶液不含EDTA。
若使用PowerVac Manifold抽吸代替离心
每个样品使用一个Spin Filter离心管。保持Spin Filter安放在2ml Collection Tube中知道需要真空抽吸滤过。记号笔标记标注好Collection Tube顶部及Spin Filter。若Spin Filter在过滤过程中堵塞，仍可以改为常规离心继续继续提取DNA。
此操作说明书第四步需要外自备100%乙醇。
1、每一个样品需要安装一个铝质PowerVac Mini Spin Filter Adapter（MO BIO货号：11992-10或11992-20）到manifold的鲁尔接口上。轻轻用力安紧Spin Filter。关闭manifold其它所有不用的接口。
【注意：铝质PowerVac Mini Spin Filter Adapters可重复使用。】
2、加载650μl样品裂解物（接上文步骤12）到Spin Filter。
3、打开真空泵，打开使用的端口的阀门。打开阀门是扶稳Spin Filter，保持直立。等待裂解物全部通过滤膜，再加650μl裂解物。继续抽吸滤过。关闭阀门。
【注意：可关闭已抽滤的端口，以提高其它端口压力，加快抽滤速度。】
4、加入800μl 100%乙醇到Spin Filter。扶稳Spin Filter，打开阀门抽滤。抽滤完成后关闭阀门。
5、每个Spin Filter加入300μl S4溶液。打开阀门抽滤。当所有S4滤完后，继续抽滤1 min，抽干滤膜。关闭所有端口。
6、关闭真空泵。打开一个未使用的端口释放manifold的压力。若20个端口都在使用，断开真空泵连接。进入下一步操作前确保真空压力已释放。必须先关闭真空泵，防止滤液倒流。
7、拿下Spin Filter，放回到原来标记的相应2ml Collection Tube中。13000g离心1 min以充分干燥滤膜。
8、把Spin Filter转移到一个新的2ml Collection Tube（试剂盒提供）中，加入50μl S5到白色滤膜中心。可选：可适用无菌DNA-Free Water洗脱DNA（货号：17000-10）。
9、室温10000g离心30s。
10、弃去Spin Filter。此时滤液中的DNA可直接用于下游实验，无需进一步处理。
获得最大得率可选操作：
接步骤10
11、避开沉淀小球，转移所有上清到一个干净的收集管中
12、S3溶液使用前先摇匀。加入1.3ml S3溶液到上清中，涡旋5s混匀。（溶液太满容易溢出，轻拿放）
接步骤13
疑点难点
加样量：
根据土壤类型，常规加样0.25-1g。吸水较多的如陶土，加样0.25g。水分较多的样品，见\"湿土\"部分。
部分土壤类型建议加样量：
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